Стальная тревога! Новый рейд

Сюжет разворачивается через два месяца после событий на подводной лодке «Туата Де Дананн», которыми завершился первый сезон. Организация «Мифрил» получает данные о существовании секретной группы «Амальгама», владеющей технологией взлома системы ECS (электронных замков). Эта технология основана на «тёмной технологии», полученной от «виспера» — человека, обладающего способностями, аналогичными тем, что есть у Канамэ Тидори. «Амальгама», как и другие разведывательные структуры, стремится расширить своё влияние и использует полученные разработки для достижения целей.

Миссия Сосукэ Сагары по защите Тидори отзывается руководством «Мифрила». Это решение позволяет «Амальгаме» привести в действие свой план, для реализации которого уже подготовлены все необходимые элементы. Развитие событий зависит от того, как персонажи отреагируют на изменение расстановки сил и на угрозу, исходящую от противника, обладающего технологиями, способными нейтрализовать ключевые системы «Мифрила».