Исчезновение Харухи Судзумии

Главный герой Кёна приходит в школу в декабрьский день, ожидая очередного мероприятия с членами бригады SOS. Он обнаруживает, что обстановка полностью изменилась: Харухи Судзумия и Ицуки Коидзуми исчезли, Микуру Асахина не узнает его, Юки Нагато стала обычной девушкой, а Рёко Асакура таинственным образом вернулась. Кён, привыкший к сверхъестественным явлениям, обеспокоен этими изменениями и решает провести самостоятельное расследование.

Кён оказывается единственным человеком, который помнит прежнюю реальность. Перед ним встает выбор: принять нормальную жизнь, о которой он раньше мечтал, или найти способ вернуть прежний хаотичный, но знакомый мир. Его действия будут определять дальнейшее развитие событий и судьбу окружающих персонажей.